【摘 要】
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原核生物分类研究一向针对具体物种,很少涉及整体性和大范围问题.然而,现在客观条件发生了变化.第一,《原核生物第Ⅳ版》(The Prokaryotes Ⅳ,2013-2014)和《伯杰古菌和
【机 构】
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复旦大学物理系和理论生命科学研究中心
【出 处】
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第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会
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原核生物分类研究一向针对具体物种,很少涉及整体性和大范围问题.然而,现在客观条件发生了变化.第一,《原核生物第Ⅳ版》(The Prokaryotes Ⅳ,2013-2014)和《伯杰古菌和细菌分类系统》电子版(Bergeys Manual of Systematics of Archaea and Bacteria,Wiley Online Library,2015)问世,提供了分类系统的最新全局参照；第二,从超过4百万16S rRNA序列中挑选出来的上万条高质量序列构造的LVTree(All-Species Living Tree,其最新版本为2015年9月的LTPs123),给出了基于核糖体小亚基RNA序列的亲缘树全局；第三,已经测序的原核基因组数目正在趋近10万,可以构建代表万株以上菌种的基因组树CVTree.以上三个上万(菌种、16S rRNA、基因组)的三头对比,容许我们考察一些整体性和大范围问题.我们首先将介绍帮助进行大范围比较的自动化工具CVTree3网络服务器和LVTreeViewer,并列举初步观察所提出的问题.例如,门纲目水平上的巨分类(mega-classification)、原核“暗物质”中新的门类、分类系统中长期存在的单物种属、LVTree上的并系(或多系paraphyly or polyphyly)与CVTree上的单系(monophyly),等等.从长远看,这将导致真正从基因组数据出发的客观分类系统,同时使分类学成为基因组分析的副产品.
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