【摘 要】
:
为了更加清晰地阐明新鞘氨醇菌US6-1对BaP的代谢途径、遗传控制方式、解析相关酶系和功能基因,我们应用Illumina Hiseq 2000测序技术对Novosphingobium pentaromativorans
【机 构】
:
厦门大学,生命科学学院,滨海湿地生态系统教育部重点实验室,厦门,361005
【出 处】
:
第十五次全国环境微生物学学术研讨会
论文部分内容阅读
为了更加清晰地阐明新鞘氨醇菌US6-1对BaP的代谢途径、遗传控制方式、解析相关酶系和功能基因,我们应用Illumina Hiseq 2000测序技术对Novosphingobium pentaromativorans US6-1在Bap诱导下的转录组进行测序,测序深度为0.5G。共得到了0.586的数据,包括6,530,190个reads,20,559个contigs和5,881个unigenes。其中72.6%的reads比对上了参考基因组,但仅31.56%的reads比对上了参考基因。按Nr,wissProt、KEGG、COG的优先级顺序将US6-1 Bap-Unigene序列与以上蛋白库做blastx比对,总共注释3,895个unigenes,发现有3,420个unigenes在Swiss Prot中找到了功能注释,3,928个unigenes分配到146个KEGG通路,3,800个unigenes在COG中找到了20个分类。blast比对得到的CDS的长度在200-1200nt间占94.9%。另外,BLAST2G0将1,152个unigenes分配到719个GO功能条目中。
其他文献
本课题组参与了2008年9月北部湾海底输油管线破裂,溢油污染海底并漂浮到涸洲岛沿岸的环境调查,分析了降解菌多样性,并获得了降解菌新种。本课题组十年多来较全面地对我国近
本研究选取丛毛单胞菌S44,其对亚硒酸盐的MIC高达200mM,且高效还原亚硒酸盐为红色单质硒,SEM图片显示其形成大量的纳米球。通过Tn5转座子插入突变方法,构建了S44的突变体库,在
城郊农村乙型肝炎疫苗计划免疫管理模式探讨张维铭(天津市东丽区卫生防病站。天津市,300300)天津市东丽区属农业区,人口29万多,人均收入1538元。1992年开始把乙型肝炎(乙肝)疫苗纳入计划免疫管理。现
一、北京市经济适用住房建设情况北京市自1998年开始建设经济适用住房,截至今年10月底共批准集中建设经济适用住房项目54个,总建筑规模2690万平方米,完成投资413亿,累计开复
本课题组选择了钱塘江河流生态系统、椒江河口生态系统、和东海近岸生态系统,采用常规测序及高能量测序手段、16S rRNA和功能基因克隆文库构建、实时定量PCR技术,结合DOTUR
Marine microorganisms are not only valuable sources for novel natural products,but also important participants for the biodegradation of environmental pollu
本文以一株从富含铁锰结核的土壤中分离的到的高锰氧化活性大肠杆菌为研究对象,根据已公布的大肠杆菌基因组序列,参考已有文献的研究成果,寻找了四十个可能与锰氧化相关的基
Aerobic bacteria degrading endosulfan were isolated from contaminated sludge.One of the isolates,LD-6,was identified as Stenotrophomonas sp.The bacterium co
本文通过研究一系列运动能力缺失的突变株,发现该菌的鞭毛对其生物被膜形成以及菌落特征的至关重要。进一步的分子验证揭示真正的决定因子是鞭毛丝的组成蛋白亚基:拥有鞭毛
本研究利用DNA芯片技术研究了Y51株的全基因组表达谱,推测了从电子供体的丙酮酸到电子受体的四氯乙烯(PCE)的电子传递途径,找到了一些有关电子传递的基因。除了PCE呼吸相关