pGlyco:基于HCD+CID+MS3的糖肽鉴定流程

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蛋白质的糖基化修饰是生物体内的重要修饰,而质谱技术是蛋白质糖基化修饰鉴定的主要手段。但是由于糖链碎裂模式与肽段碎裂模式不同,导致完整糖肽的鉴定十分困难。目前主要使用的CID/HCD结合ETD的方法虽然能够部分解决完整糖肽的鉴定问题,但ETD的碎裂效率比较依赖母离子质量和电荷等性质,导致鉴定通量难以保证[1-3]。此外,目前糖肽糖链部分的鉴定还缺少质控方法。为了解决以上两个问题,本文利用Orbitrap Fusion质谱仪,开发了基于HCD+CID+MS3的完整糖肽鉴定流程pG lyco,并且开发了基于离子随机化的糖链鉴定质控算法。经过分析,我们发现HCD较容易产生糖肽内部的五糖核心Y离子,而CID则容易产生其他Y离子,所以综合利用HCD和CID谱图的Y离子信息,能够很好地鉴定糖肽糖链。进一步,我们通过分析肽段鉴定所使用的目标诱饵库策略,开发了基于离子随机化的诱饵库构造策略,以能够对糖链部分的鉴定进行质控。我们还发现,在HCD@40%能量谱图中,高强度的糖肽Y1离子允许我们进一步对其进行DDA采集,然后碎裂得到MS3谱图。使用p Find鉴定MS3谱图,得到肽段结果。最后将鉴定的糖链部分与肽段部分进行对齐,得到最终的完整糖肽的鉴定结果。在6个标准糖蛋白混合样品中,1%糖链FDR的条件下,我们鉴定到了556张谱图,对应309条非冗余糖肽。其鉴定数目较常规的基于ETD的完整糖肽鉴定有较大的提高。p Glyco的鉴定结果如图1所示。
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