基于RNA-Seq数据筛选小菜蛾的看家基因

来源 :2012年全国农学博士后学术论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:daocaoren666666
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  背景:看家基因的确定对于基因表达的定量测量至关重要。方法:为了得到来自4个不同发育阶段和2个抗药性品系的小菜蛾RNA-Seq数据中38150个基因表达标签的稳定模式,计算了每个基因表达标签的平均值、变异系数以及最大倍数。在此基础上,用geNorm软件计算已筛选出的部分基因表达标签的平均基因稳定性指标。结果:将变动异数<=0.1、最大倍数<=2.0、平均值大于20以及平均基因稳定性<0.17的基因表达标签作为看家基因,得到泡状甘露糖结合凝集素、非网格外壳蛋白gamma2-COP、硫化物氧化还原酶、一种钙联结蛋白AGAP005032-PB作为小菜蛾看家基因。同时,本文研究发现一些常见的看家基因在小菜蛾的基因表达中并不稳定。结论与意义:本文是首次尝试从RNA-Seq数据中筛选小菜蛾的看家基因。本研究为其它昆虫看家基因的选择提供了较好的研究思路。
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