从大量的种质材料中甄别出真正具有遗传多样性的种质,不仅对遗传研究有重要的理论意义,对育种工作的高效开展也具有重要的实践意义。真菌线粒体具有基因组小,拷贝数多,突变(进化)速率快等特点,并且内含子可通过水平基因转移方式实现大片段重组(插入或缺失),从而具有广泛的多态性,因此它是真菌群体遗传多样性和异质种质资源鉴别分析的理想耙标[1-4]。本研究对所收集的16个银耳菌株(其中栽培菌株9个、野生菌株7个)的全基因组进行重测序。通过对线粒体相关的reads分离和组装,获得了完整的线粒体基因组。比较基因组表明,供试菌株的线粒体基因组大小分布在35,104 bp到49,044 bp之间,GC含量在37.6%与38.2%之间。这些线粒体基因组都包含有14个保守的蛋白编码基因,大小亚基r RNA各一个和数量不等的t RNA基因。然而,这些线粒体基因组的内含子大小、数量和分布差异较大:16个基因组中检测到19个不同的内含子,其中最少的含有6个内含子,最多的为13个;没有内含子同时存在于16个基因组中。利用这些内含子及其侧翼序列所设计的分子标记可以将任意两个线粒体差异较大菌株区分开。Tremella Fuciformis T0033是采集于古田主产区的银耳栽培种。利用该菌株与其他菌株线粒体内含子的差异,我们构建了8对特异分子标记,分别对在古田21个银耳菌种厂的36个菌种(14个白色菌株和22个黄色菌株)进行PCR扩增。扩增结果显示8对引物在36个菌种中都可以得到与T.Fuciformis T0033大小一致的条带。这一结果表明这36个菌株均来源于同一个品系。