分子对接是研究分子间(例如,配体和受体)之间的相互作用,从已知的结构受体(靶蛋白或活性位点)和配体中预测它们的结合模式和亲和性,并通过打分功能选择小分子的构型。近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术,在数据库搜寻,组合库设计及蛋白作用研究方面得到了广泛发展。用自动对接的方法将不同碳链长度的阿魏酸酯与Aβ(1-42)单体(PDB:10ZQ)的对接进行了对接模拟,使用Auto Dock 4.2软件运行对接程序,使用Lamarckian遗传算法作为对接参数算法,并对数据进行了分析,找出与Aβ(1-42)单体对接的最佳配体及其结合位点,以此来佐证和探究不同碳链长度的阿魏酸酯对Aβ(1-42)单体的影响。此外,分子对接受体不限于大分子蛋白,我们还将一系列阿魏酸酯与DNA(PDB:453D)进行对接,筛选出最佳的结合构象,由结果可得阿魏酸酯通过沟槽结合与DNA形成复合物且FAC6最易与DNA相结合。