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分子马达是指生物体内将化学标量ATP转化成物理矢量定向运动或力的蛋白酶。分子马达按运动形式可分为平动和转动两类,而ATP合酶是典型的转动马达之一,分Fo和F1两部份。嵌膜的Fo由质子通道(转子)和a蛋白(定子)组成;F1则突出在膜外,三对αβ亚基环成其定子,套在中间的γ亚基则是其转子。