中医药学面对人体复杂巨系统,建立了一整套从人体功能状态变化规律来掌握、调控人体生命活动的方法学,从整体、动态、个体化的层次,把握人体的变化规律,形成了自己独特的发展道路,开创了人类掌握复杂巨系统的先河。但由于中医药学目前所使用的技术手段与中医药学的理念和方法学不相适应,大大制约了中医药优势的发挥。随着人类基因组计划的顺利完成,以蛋白质为对象的蛋白质组学研究的重要性日益凸现。它作为后基因时代功能蛋白质组学研究的核心技术之一,在生物学、医学等各个领域日益成为强大的技术支撑。而蛋白质组学从整体水平研究蛋白质的表达和功能的方法与中医基础理论的整体观不谋而合,能够为中医药的研究和发展提供良好的实验平台。结合中医学理论,辨证论治是中医药学临床诊疗的实践核心内容,通过蛋白质组学的方法与证候临床一体化研究的技术平台,建立蛋白质组与证候的相关的研究,提升中医传统的“从临床中来,到临床中去”研究方法的效率和能力,促进中医药跨越式发展,是本文讨论的主要内容。