本研究利用先期获得的荔枝果皮cDNA文库EST序列,通过SSRIT在线检索,从3391条EST序列中,发现305条含有SSR,占整个文库EST的8.99％。利用SSR-ESTS序列共设计100对EST-SSR引物,从96份荔枝种质中选取12个品种的基因组DNA,开展核心引物筛选,共筛选出多态性较好的EST-SSR分子标记30个。全部96份资源共扩出284条带,不同引物的扩增条带在3-18条,平均9.47,其中有282条为多态性带,多态率高达99.30％,每对引物的Neis基因多样度范围0.186-0.396,香农信息指数范围0.318-0.558。此外,系统聚类分析结果表明,在相似系数0.5525处,可将96份荔枝种质资源分成了8大类群,该8大类群基本与其生态类型和植物学性状特征相符。在此基础上,对荔枝的主栽品种和特殊种质进行鉴别。结果表明,该30个EST-SSR分子标记在不同品种间可产生较清晰可辨的多态性差异,为荔枝品种和种质资源鉴别和鉴定的分子指纹构建奠定了良好基础。