本研究以浅色黄姑鱼(Nibea coibor)和双棘黄姑鱼(Nibea diacanthus(Lacépède))为研究对象，研究配合饲料替代冰鲜杂鱼对其肠道微生物多样性组成的影响，并通过传统纯培养方法分离及鉴定适合水产养殖的益生菌。使用变性梯度凝胶电泳(DGGE)、16SrDNA文库以及Illunima高通量测序研究两种黄姑鱼肠道菌群结构，结果表明，配合饲料饲喂组和冰鲜杂鱼饲喂组的肠道菌群组成差异较大，揭示黄姑鱼肠道菌群结构与食物密切相关；冰鲜杂鱼饲喂组的黄姑鱼肠道微生物多样性更为丰富，可作为筛选益生菌的重要来源。用5种培养基(Zobell 2216E培养基、LB培养基、乳酸菌MRS培养基、TCBS培养基、酵母膏胨葡萄糖YPD培养基)从冰鲜杂鱼饲喂组的两种黄姑鱼肠道一共分离出190株可培养细菌，其中24株在体外抑菌试验中具有拮抗多种致病菌(哈维氏弧菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、创伤弧菌)的活性，进一步研究菌体对高温、低pH的耐受性及产酶能力，得到4株候选益生菌：粪肠球菌、暹罗芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、杀线虫芽孢杆菌。综合体外试验结果，这4株菌具有作为益生菌的开发潜力。