本试验旨在研究同等饲喂条件下,水牛和娟姗牛瘤胃微生物数量和区系的差异,为阐明二者瘤胃消化机制的差异提供理论支撑。按照体重和年龄相似的原则,分别选用处于干奶期的瘤胃瘘管水牛和无瘤胃瘘管娟姗牛各4头,饲养于广西畜牧研究所牛场,水牛和娟姗牛均饲喂3 kg/（头·天）精料,自由采食青贮玉米,预饲期10天,于试验期第30天晨饲前采集瘤胃液,分别测定瘤胃发酵指标和抽提瘤胃液微生物DNA;基因组DNA一份用于使用qPCR法研究瘤胃微生物数量,另一份用于使用Misq PE250平台分别对细菌和甲烷菌16s RNA基因以及原虫和真菌的18sRNA基因进行高通量测序以分析微生物区系组成。结果表明:1)水牛瘤胃中总挥发性脂肪酸、乙酸、丙酸的浓度高于娟姗牛（P<0.05）,而丁酸浓度、乙酸/丙酸却低于娟姗牛（P<0.05）,NH₃-N的浓度差异不显著。2)水牛瘤胃中总菌、真菌、原虫、反刍兽新月形单胞菌的数量均显著高于娟姗牛（P<0.05）;而甲烷菌、白色瘤胃球菌、琥珀酸丝状杆菌和栖瘤胃普雷沃氏菌差异不显著。3)水牛和娟姗牛瘤胃细菌的优势菌门为拟杆菌门和厚壁菌门,优势菌科为普雷沃氏菌科,且水牛拟杆菌门（33%）和普雷沃氏菌科（26%）的丰度低于娟姗牛（62%和57%,P<0.05）,而厚壁菌门（63%）却高于娟姗牛的（32%,P<0.05）;水牛和娟姗牛瘤胃中主要的甲烷菌是甲烷短杆菌属,但水牛瘤胃中甲烷杆菌属（92%）丰度显著低于娟姗牛（98%,P<0.05）;水牛瘤胃中的优势真菌属是Candida属（53%）,原虫是Metadinium属（73%）,而娟姗牛的优势真菌是Pichia属（53%）,原虫是Entodinium属（47%）。因此,相同饲喂条件下水牛和娟姗牛瘤胃微生物数量和区系的差异可能是引起发酵指标差异的原因。