【摘 要】
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蛋白质结构预测是当今计算生物学领域最具挑战的研究课题之一,它包括蛋白质序列及结构的比对、构象搜索、能量函数设计与构建、全原子结构优化等多个问题.其中统计势函数是目
【机 构】
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华中农业大学理学院物理系湖北省武汉市430070
【出 处】
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湖北省物理学会、武汉物理学会2015学术年会
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蛋白质结构预测是当今计算生物学领域最具挑战的研究课题之一,它包括蛋白质序列及结构的比对、构象搜索、能量函数设计与构建、全原子结构优化等多个问题.其中统计势函数是目前各类结构预测方法所常用的一类能量函数.作为统计势函数设计的关键内容,参考态在以往的研究中往往都是基于简单假设而非实际统计得到,其效果可能与真实的应用环境相差甚远.凭借在蛋白质能量函数以及构象集产生方面已取得的研究成果,本文设计和构建了一种以具体的蛋白质构象集为参考态的统计势函数.我们利用前期开发的构象集产生软件3DRobot产生了一系列高质量的蛋白质非冗余假构象集,再以原子两两距离为统计对象分别得到实验结构数据集和非冗余假构象集的统计分布特征.评估结果显示,由此构建起的统计势函数相较于许多基于假设参考态的统计势函数在综合性能表现上有了明显提高,其中对于高质量假构象集(假构象RMSD值普遍较小)中天然结构的识别能力的提升尤为显著.
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