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基于基因本体比较基因之间的功能相似度，对基因功能分析和预测等问题具有重要意义。报告介绍基因功能相似度计算及其加速算法、人类基因功能相似网络纯化和疾病基因预测等计算问题，包括：(1)提出基于加权继承语义的基因功能相似度计算方法，能够更加准确地度量基因之间的功能相似度；(2)提出基于哈希结构的基因功能相似度计算方法，具有速度优势；(3)基因功能相似网络作为一个全连接网络往往存在“噪声”，提出基于参考网络纯化基因功能相似网络的方法，纯化后的网络符合生物分子网络的特征；(4)给出基于基因相似网络和数据融合的人类疾病基因挖掘方法。