一种红树林细菌Pseudomonas sp.S9基因组草图分析

来源 :第五届青年海洋科学研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zeus2040
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
  红树林土壤具有沼泽化、盐渍化、强酸性、有机质含量高等特征,这也造就了该生境中微生物的多样性与独特性。本研究从厦门白鹭洲红树林中分离筛选到了一株可降解SDS的产硫酸酯酶菌株Pseudomonas sp.S9。通过克隆重组表达,该硫酸酯酶具有较高的活性与较好的热稳定性,其在工业和家用废水处理方面具有巨大的应用潜力。为了进一步深入了解Pseudomonas sp.S9,我们对其全基因组进行Solexa测序,获得该菌基因组DNA总长4.8Mbp,Scaffold个数为24,Contings个数为25,数据覆盖率398×,GC%含量为56.52%。所得基因组DNA包含了56个tRNA基因,预测编码4294个基因。基因功能分析表明Pseudomonas sp.S9具有完整的TCA循环、脂肪酸的合成代谢途径等基本的代谢途径。值得注意的是,Pseudomonas sp.S9基因组DNA中包含了多个细菌耐二价重金属的基因簇,如Zn、Cu、Mn、As等。通过检测部分二价金属离子对Pseudomonas sp.S9生长的影响,发现Pseudomonas sp.S9能最大耐受Cu2+ 5mM、Ni2+ 2mM、Mn2+ 5mM。另外,Pseudomonas sp.S9还具有较完整的Benzoate降解途径,以及编码PAHs降解相关的基因,这些基因特征表明该菌存在降解Benzoate、PAHs的潜力,其在重金属污染以及有机污染的环境修复中也将有巨大的应用价值。
其他文献
Surface water samples were taken during the 25st and 26st CHINARE (Chinese National Antarctic Research Expedition) on cruise tracks in southern Ocean and Prydz
To evaluate the efficiency of biological pump and carbon sequestration content on Arctic shelf, estimations of POC export fluxes derived from 234Th/238U disequi
  浒苔是绿藻门石莼科的一属,分布十分广泛,其碳水化合物及粗纤维等含量较高,具有广阔的开发利用前景。微生物生物降解是生物资源利用的理想手段。红树林生态系统由于其生境的
We investigated the distribution of vibrios in Shenzhen coastal waters in order to obtain valuable information for the aquaculture industry and a health warning
The effects of wastewater on atmospheric fluxes of three greenhouse gases, nitrous oxide (N2O), methane (CH4) and carbon dioxide (CO2) from mangrove soils were
Polar oceans play an important role in the global carbon cycle. Measurements of atmospheric and surface sea water PCO2 were conducted during the 1st, 2nd and 3r
The 3rd Chinese National Arctic Research Expedition (CHINARE-III) was carried out from July to September in 2008. The partial pressure of CO2 (pCO2) in atmosphe
  目的:了解一株深海热液来源PAHs降解菌的分类地位、降解特性及其降解PAHs的分子机制。方法:通过16S rRNA基因的克隆测序,鉴定其分类地位;利用GC-MS测定其对PAHs的降解率;同时
bsorption of chromophoric dissolved organic matter (CDOM) in the western of Taiwan Strait was investigated in summer and winter of 2006-2007. CDOM optical prope
  根据2008年5月15日在泉州湾监测的浮游植物数据,计算浮游植物的生物多样性指数及优势种的数量,以及同步海水水质监测结果,分析污染因子与浮游植物多样性相关参数的相关性。