奶牛繁殖力低的最常见原因之一，是能量供给不能满足它的需求或是能量处于负平衡状态(NEB)。长时间营养不良或者急性限饲，容易导致能量负平衡的发生。在泌乳早期，大多数奶牛由于不能摄入足够的能量而总是处于能量负平稳状态。目前研究集中在NEB对首次排卵的影响、对繁殖性能的改变、高蛋白日粮对繁殖的影响以及减少NEB改善繁殖性能等方面，但对于由NEB引起的牛基因表达的变化，仅见个别基因的研究。应用Affymetrix芯片进行NEB影响奶牛基因表达变化的研究已有报道，原作者进行了差异表达基因筛选，并对筛选的基因进行了通路分析。但差异表达基因的筛选，通常是得到一个差异表达的基因列表，只有那些差异表达显著的基因才受到关注，然而，在基因组转录水平的表达谱数据中，差异表达显著的基因只占很少的部分，大部分的基因对于不同类型的样本只表现出细微的表达变化。基因集富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化，因此可以包含这些细微的表达变化，得到更为理想的结果。