随着集约化畜禽养殖业的迅猛发展,畜禽粪便的污染已经成为一个严重的环境问题。除了氮、磷、重金属、抗生素等化学污染外,畜禽粪便还是数量庞大的病原菌,包括抗生素抗性菌的载体,其可能造成的生物污染可能并不亚于化学污染。由此,本文以长期定位实验为平台,研究畜禽粪便作为肥料施入农田后,病原菌、抗生素抗性菌在土壤中的动态消长过程,同时对所获四环素抗性菌菌株的抗生素抗性谱进行分析,以期探讨并明确粪便种类(新鲜粪便和有机肥)、不同粪肥用量对农田土壤中粪源性病原菌、抗生素抗性菌的影响,从而为合理利用畜禽粪便资源提供理论依据。结果表明,粪肥负荷对三种病原菌的存留时间长短没有影响。粪大肠菌群在施肥30~60天内可消减到接近检测限,大肠菌群30天内可消减到接近或低于施肥前的土壤背景值,接近检测限。本研究的粪肥负荷下(≤9.0 t/ha时),沙门氏菌在土壤中存活期在120天以上。施肥后,四环素抗性菌数量从总体上随时间的延长而下降趋势,施用同种粪肥处理,曲线变化基本一致。表层土壤(0~5cm)中四环素抗性菌数量在施肥2个月后低于施肥前的背景值。亚表层土壤(5~10cm)中在施肥4个月时仍高于或接近施肥前的背景值。粪肥负荷对施用商品有机肥处理影响较明显,2倍用量处理(CF2)的抗性菌数量(TRB、GTRB)和抗性细菌比例(TRB/TB比、GTRB/TB比)都高于1倍用量处理(CF1)。但对新鲜猪粪处理影响不显著。对土壤剖面中四环素抗性菌的分析结果表明,稻季末各处理的抗性菌数量(TRB、GTRB)和抗性细菌比例(TRB/TB比、GTRB/TB比)都以亚表层(5~10cm)最高。推测可能由于土壤类型、养分和抗性菌、抗性基因等迁移,亚表层土壤相对适于抗性菌的存活的繁殖。对四环素抗性菌的抗性谱分析结果表明,供试粪肥的种类或用量,对四环素抗性菌多重抗性的出现频度及其在不同土层间的分布、同种抗生素出现频度等均不存在显著差异(p>0.05)。表明无害化不彻底的商品有机肥施入土壤后,其对环境的抗性污染可能不弱于新鲜粪便。作为肥料施入农田可能是畜禽粪便一个比较合适的出路,除了从化学污染的角度进行评价,应加强对其可能产生的病原菌和抗生素抗性菌污染及其安全评价研究。