水稻纹枯病菌是水稻上的重要病原真菌，严重影响水稻的产量，由其引起的水稻纹枯病目前仍然没有理想的防治措施。通过分析纹枯菌在接种水稻前后mRNA水平上的差异，筛选及克隆与病原菌致病相关的基因，有助于研究纹枯菌的分子致病机理。通过连续24h观察水稻纹枯病菌侵染水稻叶片的过程，证明实验室条件下，纹枯病菌菌核侵入水稻叶片与菌丝过程大致相同，只是侵染结构形成的时间不同。采用抑制差减杂交法(SSH)构建了水稻纹枯病菌在侵染水稻叶片早期(12bpi)上调表达基因的cDNA文库。对表达量明显上升的克隆进行测序及同源性搜索，并根据MIPS进行基因功能分类分析。结果表明共96个克隆序列与Nr数据库有同源性，33个克隆没有搜索到同源性序列。并且大多数同源性基因或EST来自于黑粉菌、双色蘑菇、新型隐球菌等担子菌真菌，部分序列与子囊菌基因具有同源性。从MIPS基因功能分类结果来看，推定的基因功能广泛，涉及代谢、蛋白命运、蛋白合成、能量、信号传导、转录、细胞运输、细胞骨架生物合成、细胞防御、细胞循环、调控等11类功能。其中包括了参与黑粉菌致病过程的促分裂原活化蛋白激酶,Cyclophilin、周期蛋白依赖性蛋白激酶等基因，这些基因也可能在纹枯病菌侵染水稻的初期阶段起到重要作用。成功构建的水稻纹枯病菌侵染水稻早期上调表达基因的SSH cDNA文库为了解纹枯病菌的分子致病机理提供了材料。