中药药效物质基础研究的本质是对中药复杂体系中化学成分的组成、结构、过程变化等各种化学信息，即化学物质组进行充分阐释的基础上，对其与药效、活性的关系进行深入研究。本课题组针对中药多成分、多靶点及整体作用的特点，提出"基本药效单元"理论，以此为指导，建立了系统的质谱分析新方法和创新研究平台，用于中药药效物质基础及作用机制研究，开展了较为深入的研究工作，取得了一系列重要成果：从离子内能角度阐明各类中药成分的质谱特征规律，成功建立了皂苷、黄酮和寡糖等多类成分简便、灵敏、快速的质谱分析方法；基于中药成分与生物靶分子的相互作用，选择糖尿病、肿瘤等疾病相关靶分子，建立了超滤质谱、强度衰减质谱、流动注射亲和质谱等中药活性成分筛选方法；建立了微透析质谱在线联用方法，并应用于中药体内过程及作用机制研究；建立了基于质谱技术的中药代谢组学研究方法，从中药作用的整体性角度阐明了中药及其复方的药效物质基础及作用机制。可以说，质谱及其相关联用技术作为探究中医药科学内涵的利器，极大的推动了中药创新性研究的进程。