中枢神经系统感染(包括脑膜炎,脑炎)常造成病人永久的神经学伤害或死亡。然而,确定中枢神经系统感染之致病菌极为困难。60%以上的中枢神经系统感染的致病菌是不明的。很多病原体引起中枢神经系统感染的临床症状并不具特异性。例如不同致病菌所引起之脑膜炎/脑炎,其临床症状几乎相同。而相同致病菌感染症在不同病人身上,也有不同的临床表现。有效的治疗决定于正确的诊断以提供适当的抗生素治疗或减少无谓的抗生素。检测中枢神经系统感染之致病菌是临床上的一大挑战,特别是病毒引起以及不明原因的中枢神经系统感染。传统上关于中枢神经系统感染致病菌的侦测,大多有赖于脑脊髓液(cerebral spinal fluid,CSF)细菌/病毒培养或抗原抗体反应,然而细菌、病毒培养时常呈阴性反应。且临床检体有限,无法逐一测试可能致病菌。分子诊断方法在侦测感染症之致病菌已逐渐占重要角色,特别是对于病毒感染。分子医学诊断可以克服传统方法侦测致病菌敏感度的困难,并提高侦测不明原因中枢神经系统感染之致病菌的可能性。我们以阶段性分子诊断方法来侦测致病菌;包括MassTag PCR方法,同时检测不同的致病菌;DNA microarray以及next generation sequencing(NGS)侦测所有微生物(包括已知和未知)的DNA序列。