多个混合类型性状QTL联合作图的贝叶斯方法

来源 :第三届全国动植物数量遗传学学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:nonomad
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
已有研究表明,多个性状的联合分析不仅可以提高QTL检测的统计功效以及QTL位置和效应估计的精确度,而且能够测验复杂性状的遗传结构,如紧密连锁与一因多效,QTL与环境的相互作用等.大多数的QTL作图试验中可同时测得多个连续性性状和间断性性状.然而目前对于多个性状的联合作图仅局限于多个连续性性状,无法对涉及到连续性和间断性性状的混合类型性状进行QTL联合作图分析.为此,本文发展了基于多QTL模型的多个混合类型性状QTL联合作图的贝叶斯方法,该方法通过马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)算法来实现.假设在基因组的任一标记区间内均存在一个假定的QTL;若存在间断性性状,则设每一间断性性状均有一潜在的连续性变量与之对应,并通过一系列阈值将间断性性状与这种潜在连续性交量联系起来.在这些假定下,模型中的QTL效应数目允许比观测值的数目还大.QTL的位置和效应可以通过条件后验分布获得.通过对多个性状的每一QTL的加性和显性效应向量的协方差阵进行控制,可以从许多假定的QTL中推断出真实的QTL.利用这一方法,可以实现对多个混合类型的性状进行QTL分析.利用F2群体进行了两项模拟研究:(1)以3个性状的QTL联合作图为例,3个性状分别按均为连续性性状,既有连续性又有间断性的混合类型性状以及均为间断性性状3种类型进行模拟.其中,混合类型性状的模拟研究,包括一个三歧性状和两个连续性性状;而3个间断性性状均为二歧性状.(2)检验在样本容量小于需要估计参数的数目情况下该方法是否仍可行?设样本容量为500,而某一假定的长染色体(1500cM)上分布着151个等间距的分子标记,进一步假定有10个QTL控制着2个性状,这样我们要估计602个回归系数和剩余协方差阵,显然需要估计的参数数目超过了样本容量.模拟结果表明:该方法无论是对多个连续性性状,还是多个混合类型性状或多个间断性性状,均能精确地估计出QTL的位置和相应的遗传参数.在样本容量小于需要估计参数数目的情况下,该方法仍能够从众多假定的QTL中推断出真实的QTL,并估计出相应的位置和效应.在模拟研究的基础上,进一步以水稻品种Lemont和特青杂交衍生的重组近交系对稻瘟病的不同生理小种的抗性数据为例演示了分析程序,结果发现在水稻的第2、3、11和12染色体上共有8个抗性位点,同一抗性QTL对不同的生理小种往往具有不同的抗性.
其他文献
混凝土刚架拱桥在我国20世纪60-70年代这种桥型建设较多。随着时间的推移,经济的发展带来交通流量的大幅增长,特别是超载运输车辆的通行,早期修建的荷载标准低的混凝土刚架拱桥
党的十六大五中全会第十一个五年计划建议中指出:"要加大农村基础设施建设投入,加快乡村道路建设".自实施"村村通油路"工程以来,我区交通状况发生了明显改善,全区初步形成干
《解析彩虹——科学、虚妄和玄妙的诱惑》[英]理查德·道金斯著张冠增孙章译32开,25.00元,369页上海科学技术出版社2001年11月出版著名科普作家道金斯(R.Dawkins),以他的不
目的建立聚偏二氯乙烯类药品包装材料中偏二氯乙烯单体含量的顶空气相色谱-电子捕获检测器(GC-ECD)法。方法采用HP-INNOWax(30.0 m×320μm,0.25μm)色谱柱;ECD检测器;顶空平
早春的一天,在辽宁鞍山千山医院,我采访了尤里卡国际博览会最荣誉获得者,退伍军人于世宽。于世宽今年41岁,身材适中,谈吐间,他充满了对军营生活的眷恋。1963年初,15岁的于世
施工控制是目前大跨度桥设计和施工的要点,本文通过对博莱高速公路下佛羊北特大桥的设计及施工中的流程控制、差控制及组织安排等各方面进行了总结,对大跨度桥的施工控制提供
本文结合安全生产在构建社会主义和谐社会中的重要作用和路桥勘测、施工的特点,分析探讨了影响安全管理的因素和确定安全管理目标的意义,并对如何制订和实现安全目标,保障人
目的研究氧化苦参碱凝胶的体外经皮渗透影响因素,并对其在大鼠体内的药动学进行研究。方法采用Valia-Chien双室扩散池,以大鼠离体皮肤为渗透屏障,HPLC测定氧化苦参碱浓度,以
引入虚拟仪器技术是当代高电压测量--工频电压测量、冲击电压和冲击电流测量--发展的趋势.本文在简要介绍虚拟仪器基本概念的基础上,说明了一个基于虚拟仪器的虚拟工频试验测
新疆142团一营一连71岁的老工人杨德福入党了。一位古稀老人,何以孜孜不倦地追求着加入工人阶级的先进行列?六十年代他递交过第一份入党申请书,却被告知有历史问题未能如愿