雉科鸟类是鸡形目中具有重要经济价值和科研价值的类群。由于雉科的分化时间较短,其系统进化关系一直是鸟类学研究的热点。CR1(Chicken repeat 1)是广泛分布于鸟类基因组中的一种长散布元件(LINEs),它们可以通过RNA介导的反转录过程转座,从而插入基因组的某个新位置。CR1是鸟类基因组中数量最丰富的重复序列(占原鸡基因组的6.4%),同时也是基因组中稳定的遗传标记,因其具有非平行演化、垂直传代、多态性插入位点的祖先状态确定等优点,近年来逐渐成为研究鸟类系统进化和种群遗传学的有力工具。本研究利用生物信息学方法从原鸡和火鸡基因组中筛选了80个CR1位点,加上已报道的19个位点,共计99个CR1位点,通过在11种雉科鸟类中分别进行PCR扩增和电泳检测后,筛选出73个可用于构建系统进化树的位点。我们的研究结果显示:1)原鸡和灰胸竹鸡处于雉科进化的基部位置且聚为姐妹群关系(BPP=100);2)与基于线粒体的研究结果不同,四川山鹧鸪的分化较原鸡和灰胸竹鸡晚,但却是较其他的雉科鸟类分化更早的进化支(BPP=100);3)有22个CR1位点强烈支持四川雉鹑、雉鸡、红腹角雉、绿尾虹稚、白冠长尾雉、勺鸡、火鸡,白腹锦鸡在进化中具有共同的祖先(BPP=100),其中,红腹角雉,雉鸡较其他几种雉类分化更早,四川雉鹑和绿尾虹雉形成一个姊妹群,而火鸡、勺鸡和白冠长尾雉较其他的雉科鸟类具有更近的亲缘关系。本研究结果显示逆转座子CR1是一类很好的遗传标记,为解决雉科鸟类的系统进化关系提供了新的研究思路,CR1将成为今后研究鸟类系统进化的有力工具。