虽然我国各地的农民专业合作社在农民专业合作社法的保障下得到快速发展，数量急剧增长，但经过实地调研，发现各地合作社的发展前景不容乐观。究其原因，影响其发展的重要因素之一即是治理结构欠缺科学的运作机制，相关主体间利益冲突难以协调，导致农民专业合作社成为少数人谋取利益的工具，极度背离农民专业合作社的设立初衷，从而影响人们加入合作社的热情和对合作社的投入，严重阻碍合作社的健康发展。因此，本文选取农民专业合作社的治理结构问题展开分析，在调研获取的一手资料的基础上总结出我国现有农民专业合作社治理结构的主要类型及模式，梳理出农民专业合作社内部各主体间的利益冲突状态，进而提出符合本国国情的完善我国农民专业合作社治理结构的立法建议。本文认为，不同类型的合作社需要设计不同的治理结构以适应其发展规模、成员结构、地域文化的多样性。