CCCH型锌指蛋白是锌指蛋白中的一大类,其成员包含一个或多个由三个半胱氨酸和一个组氨酸组成的与锌离子结合的基序。动物中的CCCH蛋白研究的比较多,对其功能的了解也比较透彻,而对植物中CCCH蛋白的了解非常少。本研究利用两种方法检索了模式植物拟南芥和水稻的基因组,获得编码含有CCCH锌指的基因。一种方法是以已知CCCH基因的序列作为检索条件,利用BLAST查找其同源序列。一种方法是根据CCCH锌指结构的保守氨基酸序列编写正则表达式,用Perl语言操纵含有基因组数据的本地Mysql数据库。这两种方法得到的结果经过数据处理之后,再用SMART或者Pfam检测序列中的CCCH基序,最后分别从拟南芥和水稻基因组中分别鉴定到68和67个编码含有CCCH基序的基因。用neighbor-joining法分别构建拟南芥和水稻中CCCH基因家族的系统发生树,根据分支上的解靴带值将其分成若干亚家族:拟南芥中分为11个亚家族,用罗马字母命名为Ⅰ到Ⅺ:水稻中分为8个亚家族,命名为Ⅰ到Ⅷ。利用网络资源分别将拟南芥和水稻中的CCCH基因在染色体上进行了定位。通过对复制区域的CCCH基因的分析发现,基因组加倍事件对CCCH基因家族的形成有重大的影响。对135个CCCH蛋白的302个CCCH基序多序列比对发现,拟南芥中共有42个成员含有C-X7-C-X5-C-X3-H,44个成员含有C-X8-C-X5-C-X3-H;水稻中共有35个成员含有C-X7-C-X5-C-X3-H,36个成员含有C-X8-C-X5-C-X3-H。利用MPSS和EST的公共数据库资源统计了拟南芥和水稻的组织表达模式。根据表达模式的差异可以将CCCH基因分为三类:第一类基因在所有四种检测的组织有都有表达,这类基因在拟南芥中有33个,在水稻中有36个;第二类包括拟南芥中的18个基因和水稻中的12个基因,它们只在部分组织中表达;第三类的基因是组织特异表达的基因,包括17个CCCH基因。对拟南芥亚家族Ⅸ和水稻亚家族Ⅰ中的20个基因进行了详细的分析。序列分析表明它们都含有C-X5-C-X4-C-X3-H基序和保守的CHCH(C-X5-H-X4-C-X3-H)基序。利用DBSubLoc预测这20个基因都定位与细胞核内,用Perl语言编写的程序检索拟南芥数据库表明拟南芥亚家族Ⅸ的所有基因都含有NES序列核输出信号,暗示了这些基因编码的蛋白有可能通过穿梭细胞核起作用。通过Genevestigator上的芯片数据分析和RT-PCR实验表明拟南芥亚家族Ⅸ成员在胁迫处理条件下表达发生了变化,暗示了此类CCCH型锌指蛋白可能参与了多种非生物胁迫的响应。