蛋白质组学研究的样品组成复杂,需要对样品通过分离后进行检测。大规模蛋白质组学的研究通常使用多维液相色谱对酶解后肽段进行分离并利用串联质谱技术进行定性和定量研究。但是多维分离的方法通常要消耗两到三天的时间,处理过程复杂,增加的实验步骤很容易造成样品的损失和污染。另一方面多维分离的方法要求的蛋白起始量大,不适用于少量样品的处理。因此,我们建立了基于长柱的一维nanoLC-MS/MS分析方法,分别从梯度时间,质谱扫描速度和上样量等条件进行优化。在上样量4ug,400分钟的梯度时间一次分析可从HepG2细胞裂解液中鉴定到53605条肽段,4605个蛋白。建立的一维分离分析的方法所需样品量少,且只需一次上样就能够达到一般二维分离分析方法的效率,是一种高效快速的分析蛋白组学样品的方法。