为进一步研究柑橘属及近远缘属种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为柑橘类果树的遗传和进化关系提供新的视点,也为遗传育种以及种质资源深入的收集、保护及利用提供新工具和有价值的参考,根据甜橙和克里迈丁基因序列数据开发设计COS Marker,从中设计60对COS引物,筛选并利用多态性标记对柑橘属及近远缘属植物进行扩增检测,并通过Structure、PowerMarker 和GenAlEx 等软件进行数据分析.结果表明：从中筛选出谱带清晰、稳定性好、具有多态性且分布在柑橘不同连锁群的引物25 对,对45 份柑橘属及近远缘属种质资源的扩增检测,共得到584 条谱带,平均每对引物约为23.36 条；基因多样性为0.26-0.88,平均0.49；PIC 为0.26-0.87,平均0.48.群体遗传结构分析显示,在K = 9 时,群体结构图清晰地揭示了柑橘属及近远缘属植物间的遗传组成关系,可区分为宽皮柑橘类群、柚类群、枸橼类群、大翼橙类群、金柑类群、枳及澳沙檬澳圆檬类群、花椒类群、黄皮酒饼簕九里香类群以及印度野橘和莽山野柑杂合类群,类群关系与聚类分析的结果总体比较一致.UPGMA 聚类分析显示,COS Marker 能够明确地区分柑橘属及其近远缘属种质资源,柑橘属在较高分类层次与金柑属、枳属、澳沙檬属、澳圆檬属、花椒属以及黄皮、酒饼簕、九里香等近远缘植物分离；在柑橘属内,枸橼和大翼橙类首先聚类,然后与宽皮柑橘、柚类等其它柑橘属植物聚类；宽皮柑橘类群里,道县野橘、岑溪酸橘等半野生宽皮柑橘与椪柑等栽培宽皮柑橘可以明确区分,而莽山野柑和印度野橘不在本类群.表明根据甜橙和克里迈丁基因测序信息设计的COS Marker,在近远缘属植物中均能获得有效扩增,能够有效区分柑橘属及近远缘属种质资源；莽山野柑和印度野橘的遗传组成表现杂合,聚类分析中与宽皮柑橘距离比较远,可能并非宽皮橘类群最原始类型.