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针对南海海洋生物资源的严重衰退、海洋生物多样性的明显下降及南海发展机遇，就南海海洋生物资源的现状、存在问题、保护的途径进行了概述，提出了在南海中、南部建设海洋生态系统及濒危珍稀物种保护区与海洋生物资源种质库的新思路，以期为南海海洋生物资源的保护及利用和南海发展战略提供前瞻性的参考。文章阐明了建立海洋自然保护区的理由，介绍了海洋自然保护区的主要类型、国际海洋自然保护区的建设情况，指出了海洋保护区的保护措施及保护区熟化后可能带来的效应，分析了我国南海在自然保护区建设上存在的差距和发展重点，汇总了海洋自然保护区必须遵守和执行的国内、国际主要法律法规，为南海海洋自然保护区的建设理清思路。最后介绍了南海海洋生物资源种质库的作用、建设方法及种质库承载的任务。