精原干细胞(SSCs)的自我更新与分化调控障碍是F1代雄性犏牛精子发生阻滞的主要因素之一.本研究运用新一代高通量测序技术(RNA-seq)对健康成年的牦牛和犏牛睾丸组织进行转录组测序,分析了两者中参与调控SSCs自我更新与分化相关基因的表达差异状况.结果表明:①Gdnf、Erm、Fgf2、Egf、Lhxl、Bcl6b、Ngn3、Plzf、Taf46等基因具有抑制SSCs分化或促进SSCs自我更新的功能,它们在犏牛睾丸组织中均显著表达上调;②Scf、c-Kit、Tpt1基因在犏牛睾丸组织的表达量明显增加,而SSCs特异的SCF/c-Kit信号和Tpt1蛋白分别行使介导抑制能诱发细胞凋亡的p53通路和促使Oct4、Nanog基因表达上调,维持SSCs多能性的生物学功能;③Stra8基因在哺乳动物生殖细胞减数分裂起始过程中发挥着关键性的作用,但Nanos2是其重要的表达抑制因子.前者在犏牛睾丸组织中表达下调,而后者表达显著上调;④视黄酸RA与RAR和RXR形成的异源二聚体结合直接激活Stra8基因表达,其还能促进两个减数分裂标志基因-Sycp3和Dmc1及c-Kit的表达.在犏牛睾丸组织中,RA合成相关的关键基因,如Raldh基因表达显著下调,且RA代谢酶基因Cyp26b1表达明显增加.综上所述，与牦牛睾丸组织表达谱比较分析，认为犏牛睾丸组织中SSCs具有更强的自我更新和抗细胞凋亡的能力;但该细胞的分化严重受阻，该过程与细胞核中RA含量降低及Stra8基因表达抑制密切相关。本研究通过分析调控SSCs自我更新与分化相关基因的表达差异，为揭示犏牛雄性不育和精子发生机制以及耗牛杂交改良研究提供了一定的理论基础。