以湘鄂渝黔四省市交界的武陵山区特殊生态环境中的微生物资源为研究对象,用微生物生态学、分子生物学及多相分类方法,开展微生物多样性、种质保护和生态适应机制等基础研究,并开展这些特色微生物资源在医药、农林和环保领域的资源化利用等应用基础研究,建立相应微生物种质资源保藏库和管理系统.目前主要开展课如下工作：(1)非盐环境中嗜盐和极端耐盐菌多样性、分类学及种质保护：在国家基金项目“硇洲岛潮汐带无脊椎动物相关原核生物多样性研究”(30970007)、“非盐性土壤中嗜盐和极端耐盐原核生物多样性及分类学研究”(31460004)的支持下,开展了非盐性土壤中嗜盐和极端耐盐原核生物多样性及分类学研究,目前已经完成湖南省小溪和高望界国家级自然保护区、德夯风景名胜区森林土壤嗜盐和耐盐菌的研究.结果 表明,非盐环境中存在较为丰富的嗜盐菌和耐盐菌,类群多样性较高,且存在一定数量的代表新类群(物种)的菌株(已经发表新种5个).(2)酒鬼酒酿造微生物多样性研究和产香功能微生物筛选：受酒鬼酒股份有限公司委托,对该内容进行了立项研究,目前已经完成酒鬼酒酿造环境、酒曲和发酵池窖泥的微生物多样性研究.结果 表明,酒鬼酒酿造微生物多样性丰富,潜藏着一定比例的新类群(物种),较高比例菌株具有产生淀粉酶、脂酶、明胶酶和脲酶的能力,在酒鬼酒的相关酿造工艺中可能起到了重要的作用.(3)土家腊肉中耐盐或嗜盐微生物多样性及其群落结构演替规律研究：选取武陵山地区的龙山县里耶镇、永顺县塔卧乡和古丈县双溪乡的传统土家腊肉样品,采用纯培养法和免培养法双重手段研究土家腊肉加工过程中微生物群落结构、种群丰度和动态变化规律,探讨不同时期微生物代谢活动与土家腊肉发酵、成熟的关系；同时,研究未培养微生物的分离策略,建立其可培养方法,挖掘新的耐盐或嗜盐微生物类群.这一研究工作得到了同行的好评,获得了国家基金的立项资助(31260003).(4)武陵山区大型真菌多样性考察：在湖南省高校科技创新团队支持下,初步开展了武陵山区大型真菌多样性综合考察.调查结果表明,高望界国家自然保护区和小溪国家自然保护区内大型真菌物种多样性丰富.共鉴定真菌258种,分属担子菌门和子囊菌门；绝大多数具经济价值,如紫芝、红紫、美味牛肝菌、红汁乳菇、松乳菇、甜味乳菇、鸡枞菌；部分真菌是森林白腐真菌；存在一定数量的有毒真菌,主要属鹅膏菌科的真菌,共10余种.(5)建立了武陵山区微生物种质资源库：硬件包括低温菌种库40m2,常年保持干燥和2-4度低温条件；有6台超低温冰箱和4个液氮罐用于菌种和DNA的超低温冻藏.目前已经入库保藏微生物菌种及其基因组DNA共5100株,其中典型菌株210株.(6)种质资源管理系统及数据库建设：购置了高性能服务器,开发了专用数据库管理软件(生物种质资源及功能信息管理系统,软件著作权登记证号：2014SR176289)；对收集的种质材料进行了初步数据化,管理网络门户系统开通(http：//biogermdatabase.jsu.edu.cn/).