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土壤微生物多样性是生物多样性研究的一个重要领域,是当今国内外关注的熟点问题之一.本文概述了研究土壤微生物多样性的主要方法,并分析了各方法在微生物群落结构和多样性研究应用中的优缺点.每一种分析方法都在某种程度上反映了微生物群落的部分信息，它们可以相互补充，对微生物群落做出更加全面的了解。传统的平板培养法积累了种群分类的大量数据，是生物标记物法和现代分子生物学技术的基础，在功能特性的认识上有独特的优势。生物标记物法可快速进行土壤样品微生物群落分析，但它对微生物的分类能力偏低，只能定性和半定量地进行微生物群落结构的分析。现代分子生物学技术尤其是以PCR-DGGE为代表的基因指纹图谱技术，克服了传统微生物研究方法的不足，比较直观地反映了种群结构的变化情况，具有快速、可靠、易操作和重复性好等特点，可对大批量环境样品进行高通量分析，已逐步发展成为土壤微生物群落结构和多样性分析的主流技术。