本研究利用95对SSR引物对主要来自于前苏联的56份海岛棉(33份来自于前苏联,5份来自埃及,1份来自美国,1份来自阿尔巴尼亚,7份来自中国云南、江苏等地,9份来自中国新疆)进行遗传多样性分析,结果如下:95对SSR引物在56个海岛棉品种中共检测出了384个等位基因,其中多态性等位基因296个,占77.1％.每对引物等位基因变幅是2～9个,平均为4.1个.基因型多样性指数(H)在0.035～2.931之间,平均为0.879.Shannon信息指数(Ⅰ)在0.09～4.417之间,平均为1.363.各指数的趋势一致.95对SSR引物的多态性信息含量PIC变幅为0.035～0.926,平均为0.698.56份海岛棉品种两两间的相似系数分布在0.585～0.952,主要集中在0.6～0.8之间,占整个数据的97％,平均遗传相似系数为0.7.从整体上来看,56份海岛棉的相似系数较高.从聚类图可以看出,以遗传距离0.69为标准,56份海岛棉品种可分为4类.第1类主要是2010年从俄罗斯引进的前苏联海岛棉为主的27份品种,其中来自埃及的吉扎77和美国的派字棉以及中239都归到了这一类.第二类稍微复杂,但主要是以来自中国新疆的6份海岛棉和来自埃及的吉扎系列的4份为主,国内其他地方的广海63-5、长605、L-3398、8040-2、跃51-19也归到了这一类.另外还有美国的比马S-4、来自于阿尔巴尼亚的洛塞雅和2个来自于俄罗斯的品种也归到了这一类.第3类包括8个品种,主要是来自于前苏联的6个品种和来自于中国新疆的巴3116和河北的冀B91-45.第4类只有一个来自于前苏联的L-8007,独自成一类.研究结果再次说明SSR作为一种共显性标记,尤为适用于海岛棉及其亲本的系谱分析及鉴定.因此,SSR标记技术可以为海岛棉育种实践工作中的亲本选配提供可靠的分子依据.