靶向外显子捕获芯片制作及在家族性高胆固醇血症基因诊断中的应用

来源 :第十二次全国动脉硬化性疾病学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:scarllie
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  背景 家族性高胆固醇血症(FH)是一类严重脂质代谢紊乱的单基因显性遗传性疾病,其主要致病基因有低密度脂蛋白受体(LDLR)、载脂蛋白B100(ApoB100)、枯草溶菌素9(PCSK9)等六种致病基因.FH是早发冠心病的高危人群,早期明确诊断对于预防心血管病具有重要意义.由于缺乏高通量的筛查手段,在中国对于其基因诊断报道较少.北京安贞医院动脉硬化研究室与美国迈基诺公司共同研发FH致病基因靶向捕获芯片,结合二代测序不仅可检测患者已知6种基因突变位点,还可检测到血脂代谢相关基因的变异,对全面了解我国FH人群的遗传背景有重要意义.目的 自行设计研制血脂代谢相关的基因靶向外显子捕获芯片,验证已知明确基因诊断的患者,证明该基因芯片的准确性.检测患者未知致病基因,选择基因诊断部分明确和未知的患者,明确诊断患者的未知基因突变,探讨基因芯片在我国FH基因诊断中的应用价值.方法 (1)选择与血脂代谢相关的基因自行设计研制靶向外显子捕获芯片,以10例明确基因诊断的FH患者为对象,提取外周血DNA,将基因组DNA随机打断成片段,通过靶向外显子捕获芯片杂交富集外显子区域,经二代测序技术进行核苷酸序列分析,生物信息方法进行拼接比对,发现突变位点,并验证患者是否存在已知突变,以证明捕获技术的可靠性.(2)以10例基因诊断部分明确的FH患者为对象,提取外周血DNA,通过上述靶向外显子捕获芯片、二代测序技术及生物信息方法发现突变位点,验证已知基因突变并明确未知基因突变,对检出的未知突变位点进行一代测序验证,FinchTV1 4.0软件读取测序结果与Gene Bank参考序列比对,确定突变位置及类型.(3)以10例未知基因诊断的患者为研究对象,提取外周血DNA,重复上述操作,明确未知基因突变,对检出的未知突变位点进行一代测序验证.结果 (1)10例已明确基因诊断的FH患者,均全部检出基因突变,且与原基因诊断完全符合.(2)10例基因部分明确的患者,均检测出患者已知突变,明确8例未知突变.(3)10例未知突变患者有1例未检出基因突变,芯片总诊断准确率为90%.结论 我们研发的靶向外显子捕获芯片准确性高、可靠性强,不仅可检出6种已知基因突变位点,还可检测到血脂代谢相关基因的变异,与传统的全外显子捕获及测序方法比较,具有快速、高效和费用低廉等特点,值得临床推广.
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