【摘 要】
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多分体负义RNA病毒(segmented negative-sense RNA viruses,sNSV)普遍采取"抓帽机制"来合成含帽子结构的信使RNA(mRNA),即它们从寄主mRNA抓取一段10~20个碱基的帽子序列,然后
【机 构】
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福建农林大学植物病毒研究所福建省植物病毒学重点实验室;
【基金项目】
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国家自然科学基金面上项目(31672005);福建农林大学校杰青项目(31301642)
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多分体负义RNA病毒(segmented negative-sense RNA viruses,sNSV)普遍采取"抓帽机制"来合成含帽子结构的信使RNA(mRNA),即它们从寄主mRNA抓取一段10~20个碱基的帽子序列,然后以这段帽子序列为引物,转录自身基因组,生成在5端含一段"异源"帽子序列的病毒mRNA。水稻条纹病毒(Rice stripe tenuivirus,RSV)是一种重要的植物sNSV。近年,本实验室建立了一种高通量测序技术,可以方便且低成本地测取RSV抓取的帽子序列。番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)是一种重要的双生病毒。虽然已知TYLCV基因组含6个开放阅读框(ORF),但TYLCV基因组上的转录起始位点(transcription start sites,TSS),目前还不清楚。本研究首先建立了一种方法,可以稳定地获得RSV与TYLCV共侵染的本氏烟(Nicotiana benthamiana)。接着,本研究取RSV和TYLCV共侵染,或RSV单独侵染的本氏烟(阴性对照),以高通量测序技术测取了RSV抓取的帽子序列,分别获得库1(混合侵染)和库2(单独侵染)。将库1中的帽子序列Map到TYLCV基因组,获得TYLCV转录起始位点(即帽子序列第一个碱基)21个,其中,TYLCV病毒链9个,反义链12个;库1中能Map到TYLCV的帽子序列,仅有49条(4个unique)也存在于库2中,这表明多数Map到TYLCV的帽子序列来自TYLCV mRNA,而非寄主mRNA.上述结果表明RSV的"抓帽"可以作为一种工具,鉴定TYLCV的TSS。与传统的RACE实验相比,"抓帽"具有明显的优势:①不必针对每条mRNA设计和筛选不同的引物;②所有TSSs在同一高通量测序反应中获得;③在所得信息量相同的条件下,"抓帽"比传统的RACE实验花费低。
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