利用RSV的“抓帽”鉴定TYLCV的转录起始位点

被引量 : 0次 | 上传用户:yjc0208
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
多分体负义RNA病毒(segmented negative-sense RNA viruses,sNSV)普遍采取"抓帽机制"来合成含帽子结构的信使RNA(mRNA),即它们从寄主mRNA抓取一段10~20个碱基的帽子序列,然后以这段帽子序列为引物,转录自身基因组,生成在5端含一段"异源"帽子序列的病毒mRNA。水稻条纹病毒(Rice stripe tenuivirus,RSV)是一种重要的植物sNSV。近年,本实验室建立了一种高通量测序技术,可以方便且低成本地测取RSV抓取的帽子序列。番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)是一种重要的双生病毒。虽然已知TYLCV基因组含6个开放阅读框(ORF),但TYLCV基因组上的转录起始位点(transcription start sites,TSS),目前还不清楚。本研究首先建立了一种方法,可以稳定地获得RSV与TYLCV共侵染的本氏烟(Nicotiana benthamiana)。接着,本研究取RSV和TYLCV共侵染,或RSV单独侵染的本氏烟(阴性对照),以高通量测序技术测取了RSV抓取的帽子序列,分别获得库1(混合侵染)和库2(单独侵染)。将库1中的帽子序列Map到TYLCV基因组,获得TYLCV转录起始位点(即帽子序列第一个碱基)21个,其中,TYLCV病毒链9个,反义链12个;库1中能Map到TYLCV的帽子序列,仅有49条(4个unique)也存在于库2中,这表明多数Map到TYLCV的帽子序列来自TYLCV mRNA,而非寄主mRNA.上述结果表明RSV的"抓帽"可以作为一种工具,鉴定TYLCV的TSS。与传统的RACE实验相比,"抓帽"具有明显的优势:①不必针对每条mRNA设计和筛选不同的引物;②所有TSSs在同一高通量测序反应中获得;③在所得信息量相同的条件下,"抓帽"比传统的RACE实验花费低。
其他文献
这是一个媒介和信息高度发达的时代,科技的发展促使媒体形式不断更新,人们获取信息的渠道也随之增加。如何充分发挥广播采访的作用,挖掘深入的新闻信息,不断加强与提高广播的优势
随着中国基础教育改革的不断深入,高师学前教育专业的舞蹈教学已显露出了滞后的现象。通过对高师学前专业舞蹈教学现状的剖析,从教学观念的转变、教师主导作用和学生主体作用的
兴趣是最好的老师。兴趣是人们乐于认识与接受某种事物,并积极参与到某种活动中的积极的认识倾向。兴趣是学习的动力、探索的源泉。尤其对于初中阶段的学生来说,对体育课的认
目的了解肿瘤医院住院疾病谱的变化规律.方法收集医院1996~2000年住院病案资料,分析住院疾病谱. 结果五年来肿瘤住院病人日益俱增, 1996年4821人次,2000年6226人次, 年增长率
大力发展职业教育加快“科教兴鲁”步伐山东省人民政府党的十一届三中全会以来,在邓小平同志建设有中国特色社会主义理论和党的基本路线指引下,省委、省政府把大力发展职业教育
本文介绍了通过嵌入式Linux系统编译固件替换家用路由器原厂固件,使得家用路由器具备OpenvSwitch功能,并可结合实际情况进行配置及应用。
为了能准确预测便携式风力灭火机振动给人体手臂带来的影响,降低人体手臂模型的复杂程度,结合便携式风力灭火机作业的实际情况,建立了五自由度手传振动生物力学模型,并考虑了
美国内战期间 ,联邦政府为维护联邦的统一 ,进行了许多卓有成效的国际法实践 :从海上封锁的一系列国际法斗争到“亚拉巴马”号案对英国变相干涉内战的对抗。美国联邦政府敢于
<正>[例1]如图1所示,匀强磁场充满在半径为γ的圆柱形区域内,其方向与圆柱的轴线平行.一根长为γ的细金属棒ab与磁场方向垂直地放在磁场区域内,杆的两端恰在圆周上,如果杆绕
目的提高纤维支气管镜检查对早期无症状肺癌及x线阴性肺癌诊断价值的认识,以尽早确诊肺癌。方法回顾性分析经纤支镜检查确诊的早期无症状肺癌20例及x线阴性肺癌32例的纤支镜下