柑橘裂皮类病毒（Citrus exocortis viroid,CEVd）属于马铃薯纺锤块茎类病毒科（Pospiviroidae）马铃薯纺锤块茎类病毒属（Pospiviroid）,是大小约为370nt,不编码任何多肽的闭合环状的单链小分子RNA。其基因组包含5个功能区,分别为左手末端区,致病区,中央区,可变区以及右手末端区。CEVd为害以枳和枳橙为砧木的柑橘植株,能引起砧木明显的裂皮症状,造成严重为害。‘Arizona 861-S1’香橼常用来作为CEVd的指示鉴定植物,本研究借助从柑橘品种‘眉山9号’中获取的CEVd主序列通过侵染性克隆构建和体外转录成功侵染香橼植株,待香橼植株出现明显症状后对CEVd子代种群分子变异情况进行分析,旨在了解CEVd在香橼中的子代种群信息,为防治柑橘裂皮病提供科学依据。笔者利用CEVd的特异性引物从接种香橼中扩增到371bp的特异条带,然后通过分子克隆及序列测定建立CEVd子代种群,进而对其遗传多样性和变异水平进行分析。结果表明:子代种群突变克隆百分比为41.6%,所得77个克隆中有32个克隆发生突变,种群碱基突变频率为1.79×10^-3。子代种群共检测到33个碱基替代突变,15个碱基缺失突变和3个碱基插入突变。碱基突变以碱基替代突变为主,其中有8个C→U突变,8个U→C突变,7个A→G突变,4个G→C突变,3个G→A突变,2个G→U突变,1个C→A突变,碱基转换与碱基颠换比值为26:7,碱基替代突变中碱基转换占比达78.9%。3个碱基插入突变分别为1个碱基C插入,1个碱基G插入,1个碱基A插入,没有发现碱基U的插入。15个碱基缺失突变中有11个碱基G缺失,3个碱基A缺失,1个碱基C缺失,没有发现碱基U的缺失。对突变区域进一步分析发现,突变主要集中在左手末端区,右手末端区以及可变区,而在致病区及中央区发现的碱基突变较少。