苹果树腐烂病（apple tree Valsa canker）是我国各主要苹果产区普遍发生且危害严重的一种真菌病害,该病害由苹果黑腐皮壳菌（Valsa maliMiyabe et Yamada）侵染所致。潜伏侵染是腐烂病侵染过程的一个重要特征。为了对该病害进行早期诊断,实时检测,本研究建立了一套实时定量PCR菌检测方法。利用通用引物获得苹果腐烂病菌菌株Vmm45的ITS、β-微管蛋白和EF-1α的基因序列,与GenBank中的序列对比,在设计的16对引物中筛选出基于EF-1α基因序列的引物对VE-F/VE-R。20μL反应体系中,引物VE-F和VE-R各0.5μL,模板DNA 1μL,含荧光染料的Mix 10μL,ddH₂O 8μL;反应条件为:95℃预变性300s,95℃变性12s,58.0℃退火12s,72℃延伸14s,40个循环;罗氏Light Cycler 96程序生成的溶解曲线程序是95℃10s,65℃60s（2.20℃/s）,97℃1s（0.20℃/s）。用该引物对梯度稀释的DNA样品进行定量扩增,结果表明:该体系可精确定量到2.4fg/μL的病菌基因组DNA,其灵敏度在fg/μL级别。该引物特异性强,可从苹果轮纹病菌、链格孢、层出镰刀菌、木霉、青霉等苹果树上的常见真菌中特异性的检测出苹果树腐烂病菌。通过对苹果树树皮组织和叶片的检测,证明本体系可以检测出未发病部位带菌。利用这一qPCR检测体系与已有的检测体系对比发现,本检测体系灵敏度高,特异性强,检测结果可靠。可用于苹果树腐烂病菌的快速检测,为苹果树腐烂病的早期诊断提供新方法。