根部病害是紫花苜蓿最常见的病害之一，严重影响了紫花苜蓿的产量和品质。不同生态区根部的入侵真菌种类不同，本研究以30个紫花苜蓿品种为材料，分别于2006年的春、夏、秋季取样，分离、鉴定了它们的根部入侵真菌，结果表明：不同生长季节苜蓿根部入侵真菌区系中优势菌种明显不同，其中春夏秋三个季节共有的建群种为细交链孢和腐皮镰孢，不同季节的特有真菌优势种依次为：春夏季均为半裸镰孢和尖孢镰孢，秋季为锐顶镰孢和柱孢。 不同苜蓿品种在3个季节的入侵真菌种类和真菌分离率均有差异(P<0.05)，且根部带菌率也与生长季节和苜蓿品种有关，春季以赛特的带菌率最高，夏秋季分别以农宝和佛拿尔的带菌率最高。平均带菌率较高的5个苜蓿品种依次为：赛特、农宝、皇冠、航海4号和猎人河，平均带菌率较低的5个苜蓿品种依次为：苜蓿王、爱菲尼特、WL-525HQ、顶点和丰叶721。由以上可以看出，豫北平原地区种植的苜蓿在不同季节潜在发生病害的种类不同，春夏季以半裸镰孢和尖孢镰孢为主要致病菌，秋季以锐顶镰孢和柱孢为主要致病菌。另外，不同品种的感病性不尽相同，5个带菌率高的品种不易推广，5个带菌率最低的品种更易减少病害的发生。