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番茄的生长发育与光照强度密切相关,在中国北方保护地栽培中,由于栽培季节光照不足,加上温室骨架结构及覆盖物遮光的影响,经常发生弱光胁迫,严重影响番茄产量和品质,给生产造成巨大经济损失。耐弱光属于数量性状,其遗传较为复杂,因此番茄耐弱光性品种改良进程极为缓慢。利用分子标记辅助选择是加快育种进程的有效手段,有关番茄耐弱光分子标记的研究报道较少,本研究在番茄开花坐果期,对大量番茄种质资源耐弱光相关性状进行调查,并利用基于全基因组的关联分析检测控制耐弱光相关性状的QTL,挖掘番茄栽培种群体内优良耐弱光等位基因,为标记辅助育种提供依据。试验材料为191份栽培番茄自交系组成的自然群体,包括23份樱桃番茄和168份大果番茄。于2014年2月播种,4月定植于辽宁省农业科学院蔬菜研究所连栋温室中,定植7 d后采用75%遮阳网进行遮光,同时设置不遮光对照。遮光处理25 d后对株高、茎粗和叶绿素含量进行调查,在果实成熟期对单果质量和坐果率进行调查,并计算出各性状的相对变化值(弱光处理下表型值/对照条件下表型值)。每个株系随机选取4株调查性状,取平均值。选取273个分子标记,包括120个SNP标记、128个InDel标记和25个SSR标记,对供试材料进行基因分型。将SNP及其侧翼序列输入软件SNP-RFLPing2以转化为CAPS标记。结果显示,与对照相比较,单果质量、叶绿素含量和坐果率平均值分别下降了33.03%、26.50%和39.02%,株高/茎粗平均值增加了68.40%。4个性状的相对变化值之间相关性均较低,说明这些不同的耐弱光相关性状并不相关。238个多态性分子标记在番茄栽培种群体内检测到3个亚群,分别为樱桃番茄、老品种和现代品种。不同类型分子标记在染色体上的LD水平不同,所有分子标记的LD衰减距离为10~15 cM,SNP标记为3~5 cM,InDel标记为2~3 cM。说明在番茄栽培种群体内,SNP标记的LD程度高于InDel标记。利用238个多态性分子标记对4个性状及相对变化值进行关联分析,累计检测到16个关联位点(P<0.005),分布在染色体1、2、4、5、6、9、10和11上,表型变异解释率在4.3%~16.5%。除叶绿素含量以外,其他性状均检测到与之相关联的位点,单果质量的相对变化值检测到最多的关联位点,与单个性状相关联的位点数在0~8个。表型变异解释率超过10%的关联位点有3个,分别为位于第1染色体上的SSR134,第6染色体上的SP和第10染色体上的s1il681。SP为变异解释率最高的关联位点,与株高/茎粗显著关联,同时SP也是调控番茄生长习性基因。因此,若以株高、茎粗作为番茄耐弱光性鉴定指标时应考虑植株的生长习性。