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本研究对9个黑山羊品种(种群)30个个体的mtDNA Dloop区1212 bp全序列进行了分析。结果表明：在30个有效黑山羊统计个体Dloop区序列中,A+T平均含量为60.1％。经比对,共检测到87个核苷酸多态位点,约占核苷酸总数的7.18％。Dloop全序列突变类型有3种,即转换、颠换及缺失。我国黑山羊核苷酸多态位点变异类型以转换为主，在所测黑山羊个体中,mtDNA Dloop序列由25种单倍型组成,单倍型比例为83.3％,说明四川9个黑山羊品种mtDNA遗传多态性很丰富。由此构建了四川9个黑山羊品种(种群)的NJ分子系统树。聚类分析表明，所测黑山羊的mtDNA Dloop序列表现为2个单倍型组,从而揭示了四川9个黑山羊品种(种群)可能有2个母系起源。