目的：对近年来新分离的两株猪细小病毒河南流行株(HNZK-1株和HNAY株)进行全基因克隆与序列分析。方法：根据GenBank所公布的PPV全基因序列设计3对特异性引物，将HNZK-1和HNAY株PPV全部编码因及部分3’和5’末端序列组分3个重叠片段进行PCR扩增，PCR产物纯化后进行序列测定并拼接成基因序列，通过基因软件进行病毒的系统进化分析。结果：两毒株间同源性较高，与nanjing200801株拥有较近的亲缘关系；整体上我国的猪细小病毒流行毒株在进化树上比较接近。结论：3端的自我回折形成的-OH可为DNA多聚酶所提供需要的引物，虽然没有研究表明这部分的序列的缺失是否会引起3端的自我回折的改变，及对病毒毒力的影响，但根据对不同毒力毒株的的分析发现这部分序列缺失较多的毒株往往毒力较强。