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南方金枪鱼案是第一个按照《海洋法公约》附件七组成的仲裁庭审理的案件，也是国际仲裁庭拒绝管辖权的第一个案例。虽然仲裁庭在最终裁决中推翻了ITLOS关于管辖权的初步裁定，而没有进入实质审查阶段，但是南方金枪鱼案充分体现了国际仲裁的“预防性外交”功能，同时为海洋法公约争端解决机制的发展做出了里程碑式的贡献。该案还涉及对科学不确定性因素的法律应对，被认为间接承认了“预警原则”的在国际海洋法中的法律地位。