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中棉所63于2010和2012年两次被国家农业部列为长江流域“主导品种”，生产上出现了不少667m2子棉产量过450kg甚至过500kg的大面积高产典型。为探讨中棉所63杂种优势形成的分子机理，以中棉所63及其亲本盛花期的叶片和幼蕾为材料，采用Affymetrix棉花芯片，在经过标准化的数据基础上，以|logratio|>0.5为筛选条件，筛选差异表达探针。通过对杂交种及其亲本在盛花期的叶片和幼蕾差异基因的注释和代谢途径研究，在转录水平上揭示了中棉所63及其亲本基因表达的差异，为探讨其杂种优势产生的分子机理提供了有价值的生物信息学信息。