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反硝化、硫还原和甲烷氧化是河流沉积物中微生物主要的能量来源，大尺度探讨沉积物这类功能微生物的意义重大.本研究通过分析淮河(安徽段)干流及22条支流共135个沉积物样本中微生物组成，发现其中大量的可能参与反硝化的细菌包括Acinetobacter、Halomonas、Denitratisoma、Pseudomonas和Rhodobater等，这些细菌占细菌总数的1.33％-35.40％.其中某些反硝化微生物如Denitratisoma的相对丰度与潜在的反硝化潜力呈显著正相关关系.沉积物中硫还原微生物主要隶属于细菌中的Delta-变形菌，占细菌的0.17％-12.32％，甲烷氧化微生物主要隶属于Gamma-变形菌，占细菌总数的 0.00％-0.92％，而其中硫还原细菌相对丰度与甲烷氧化细菌的相对丰度呈显著正相关关系.有机物和氮磷含量等均影响以上反硝化微生物、硫还原微生物和甲烷氧化菌的结构.