现代微生态学主要是研究微生物与其宿主间的对立统一而形成的生态系统的变化和规律的一门新兴学科,近年来针对肠道微生物的研究也越来越受到研究者们的重视,人体肠道内寄宿的微生物群的种类繁多,主要由专性厌氧菌及兼性厌氧菌组成,其各自所占的比例不同,构成一个极其复杂的微生态系统,在一定范围内保持着相对的平衡状态,即肠道微生态平衡,此平衡在维持人类的健康中起着非常重要的作用。我国著名的微生物学者魏曦曾言:"中医的四诊八纲是从整体出发,探讨人体平衡和失调的转化机制。微生态学很可能成为打开中医奥秘大门的一把金钥匙"。肠道微生态从中医基础理中医整体观,阴阳学说,藏象学说,体质学说中找到了理论依据与联系,中医证型方面分为脾虚证,湿热证等,人体健康与肠道微生态存在密切而复杂的联系。在代谢综合征,胃肠疾病,肿瘤发病,精神类疾病等诸多疾病中开展的菌群研究为其复杂机制探索提供了新的思路,也为这些疾病的预防、预警、干预和治疗提供了新方法。同时,这些实践又进一步提升了我们对肠道微生态在人体健康中发挥作用的认知,肠菌菌群与神经系统疾病及精神类疾病的研究目前正逐渐引起重视,该领域从相关性的认识到因果关系机理的阐释为我们深入认识神经系统或精神类疾病的发生机制及寻找新的治疗方案奠定了基础。单味中药及中药复方从调控肠道菌群数目及比例、炎症因子、信号通路、基因等方面干预肠道微生态,具有调节肠道菌群、保护肠黏膜屏障、恢复肠道微生物多样性、增强免疫功能等作用。中药与肠道微生物之间有密切关联,两者相互影响。中药部分有效成分能维持肠道微生态的稳态,而某些有刺激性或者毒性的成分可能会抑制益生菌的生长,促使致病菌入侵,造成肠道微生态紊乱肠道微生态失调也会影响中药在体内的代谢及吸收,可增强或降低中药药效、改变中药毒性。本文从肠道微生态的中医相关,西医研究进展与中医证型,与相关疾病关系方面展开论述,从理论和实践等方面展现了肠道微生态的中西医医药研究概况,然而这些研究仍有进一步扩大的空间,如在理论研究上,对于肠道微生态与中医药理论相关性的认识仍未统_。实验和临床研究上,不同的个体肠道菌群分布不同,对中药的反应性不同等,这些存在的问题仍然需要研究者不断地去解决。