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在分类鑑定上,木黴菌这属早在1794年即由虎雨森(Persoon)引入;但直至1969年,Pifai氏在顯微镜下观察所做之形熊分类,才为世人所接受其分法木黴菌属主要分为9个种(species);其有性世代大多属Hypocrea及其他相关之属如Podostroma及Sarawakus署等.然随著研究之深入兴菌株量之增多,Rifai之分类已无法满足时下种间区分之需求然亦有学者作些補充兴修正,但从形熊更详细云研究者首推Bissett氏；加拿大籍的Bissett氏在1984-1992年主张将此属之下再分成5个部门(Bection)如Trichoderma、Longibrachiatum、Saturnisporum、Pachybasium以及Hypocreanum.其下在细分成多个不等的种.惟后来又发现Saturnisporum后属Longibrachiatum section未成熟者,故后来Gams and Bissett等在1998年再修正此属为4个部门.目前共有三十三个种名及相关之有性世代种.另外在彌補型熊分类不足的方法则有利用分子生物技术来识别有性世代兴无行世代间之关聯性,或是种间形熊相似者.包括isozymes analysis,Restriction fragement length polymorphisms,DNAfiogerprinting,Random amplifieed polymorphic DNAand PCR-based fingerprinting,DNAsequencing等;因此目前分类已朝向以形熊为基础,再配合生活史及分子生物技术等综合来研究木黴菌属.