深水航道治理工程位于长江口北槽，在其上修建了南北导堤和大量的丁坝等整治建筑物，这些整治建筑物加大了上游径流下泄和外海高盐水体入侵的阻力，改变了口门地区的水流结构，从而会对盐水入侵产生一定的影响。基于长江河口三维斜压水流和盐度模型，考虑了深水航道治理工程修建后工程区域附近地形的变化，主要对工程前后枯季时大潮涨潮期间和落潮期间的盐度变化进行了模拟。通过对比长江河口工程前后盐度场的变化，发现工程后长江河口的盐水入侵发生了较大的变化，工程后四个入海口的盐水入侵都有所加剧，但加剧的程度有所区别：工程后南槽口内盐度显著增加，口外盐度减小；北槽上段盐度升高，北槽下段涨潮期盐度略有降低；北港口内盐水入侵有所增加；北支的盐水入侵距离增大。总体来说，深水航道治理工程对长江河口的影响区域主要集中在北槽及工程施工点附近。