济麦22与良星99是系谱相同且农艺性状高度相似的两个大面积种植品种。为了分析两品种的差异,首先采用田间试验,对表型进行了系统分析,发现在株高和穗长上两者存在显著性差异,其中良星99高于济麦22,这与前人的研究结果相吻合。其次,采用Illumina HiSeq2000测序技术进行了全基因组测序,每个品种测序量为90G。经分析发现,与参考基因组中国春相比,济麦22有总长度约为557Mbp的拷贝数变异区域,而良星99则有总长度约为511Mbp的拷贝数变异区域,其中466Mbp为两个品种与中国春均存在差异的区域,占小麦参考基因组序列长度的3.31%。对小片段的插入/缺失序列和SNP分析发现,济麦22与中国春之间存在的差异位点数目分别为1389861和18411441个,而良星99与中国春之间的差异位点数目分别为1578034和20444407个,其中两者与中国春同时存在差异的位点数目分别为1065770和16197912个。对上述3个不同类型的差异所在染色体位置进行分析发现,大片段拷贝数变异区域主要位于2B、4B等染色体上,而小片段的插入/缺失序列和SNP差异位点则主要位于1D、2B、4B等染色体上。在此基础上,对济麦22与良星99之间株高和穗长相关基因的序列进行了系统研究,已证明3个基因编码的蛋白在两个品种之间存在差异,其中位于2D染色体上的1个基因发生了移码突变。综上所述,济麦22与良星99在基因组序列上相似性较高,但是存在部分染色体上存在显著的差异,并且鉴定出3个株高候选基因,为制定小麦品种特异性标准及利用这2个品种作为亲本进行遗传改良提供了有价值的遗传信息。