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第二代高通量测序方法广泛的应用于微生物基因组研究,但第二代短reads测序方法对于较多重复片段的基因组测序结果处理能力有限.近期本实验室对一株产生重要药物的细菌进行基因组测序,该细菌基因组大小4Mb,GC含量67.9%。首先采用第二代中的Illumina技术进行测序,组装之后得到6条scaffold,其中contig为518条,结果已经非常不错。同样这对这株细菌,也同时采用了Pacific Biosciences公司最新推出的第三代单分子测序技术进行了测序,直接得到的3条scaffold,而且通过三代测序结果的进一步分析,认为这3条scaffold其中一条3.8Mb是环形基因组,而另外两个是167 Kb和47 Kb的质粒。第三代测序技术同时还可以得到整个基因组核酸被修饰的情况,通过分析测得整个基因组中含有6-mA修饰位点9459个,4-mC修饰位点4336个,并精确确定被修饰碱基的位置。