针对高通量测序背景下微生物基因组gap closing过程，在Cytoscap。软件中开发了一个名为ContigScape的可视化插件工具。目的是把contigs之间的连接关系图示化，而不是用列表的方式线性化显示。由于repeat contig的存在，基因组contig之间真实的关系应该是网络状的，所以任何线性的表示方法都会丢失信息。这个工具基于开源软件CytoScape设计，界面简单，可直接处理454 Newbler拼装产生的ace文件，Illumina测序系统产生的mate-pair数据，或者由其他数据整理而成“CRS”格式文件。其优点在于强化contig的显示，尤其是可以正确显示基因组中重复片段的数目和连接关系，并能够预测基因组中的质粒，线性染色体的末端反向重复，以及IS element,核糖体RNA等特殊的重复片段。