[目的]研究蛋鸡MHC(Major Histocompatibility Complex，主要组织相容性复合物)基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。[方法]使用基于16S rDNA的PCR—DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术，结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序，对2，4，6和8周龄商品蛋鸡和15I，系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较，并鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。[结果]商品蛋鸡和15I，系蛋鸡盲肠细菌的多样性均最高，其次是回肠和空肠，嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低，而且随着蛋鸡周龄增加，各肠段细菌多样性呈上升趋势，MHC基因对细菌多样性无显著影响。DGGE图谱聚类分析表明，蛋鸡MHC基因对4周龄和6周龄肠道细菌的影响最大，对8周龄影响较小，对2周龄影响最小；而且MHC基因对消化道前段细菌的影响小于对后段影响。序列分析发现，8周龄商品蛋鸡和15I，系蛋鸡均有大量的三得利乳杆菌(Lactobacillus suntoryeus)，是蛋鸡消化道前段的优势细菌；商品蛋鸡空肠、回肠和盲肠中的特异性条带主要是Ochrobaetrum sPP，索氏梭菌(Clostridium sordellii)，超巨巨单胞菌(Megamonas hypermegale)和大量不可培养的细菌；15I5系蛋鸡的特异性条带主要是不可培养的细菌。[结论]该研究结果表明蛋鸡MHC基因可影响不同周龄、不同肠段细菌群落的结构。