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本研究对方氏云鳚9个群体共181个个体的线粒体DNA控制区第一高变区序列进行了测定和分析，共检测到25个单倍型；NJ系统树和单倍型网络图不存在明显的谱系结构，并没有与采样地点相对应的分支存在；分子方差分析和群体分化指数计算结果显示，方氏云鳚各群体间并不存在显著的遗传差异，遗传分化主要存在群体内；核苷酸不配对分布和中性检验结果显示方氏云鳚群体经历了群体扩张事件，扩张时间大约发生在3.2-12.7万年前的更新世晚期.本研究还进行了方氏云绷控制区全序列的测定分析，其控制区全长为853bp.