【摘 要】
：
序列拼接是全基因组测序的核心问题之一.基于"overlap-layout-consensus"的传统拼接软件虽然被人们应用于人类基因组拼接等项目,但它们始终不能有效解决全基因组重复序列的拼
【机 构】
：
教育部生物信息学重点实验室(北京)
论文部分内容阅读
序列拼接是全基因组测序的核心问题之一.基于"overlap-layout-consensus"的传统拼接软件虽然被人们应用于人类基因组拼接等项目,但它们始终不能有效解决全基因组重复序列的拼接问题.为了克服上述不足,Pevzner等提出了欧拉超路拼接算法.该算法要求构造一个复杂的deBruijin图,用欧拉超路算法接接大规模全基因组存在存储瓶颈问题.本文对欧拉超路拼接算法中的存储瓶颈问题.测试结果表明,该并行算法具有良好的可扩展性,能够解决较大规模全基因组的序列拼接.
其他文献
生物信息学中,对各种生物大分子序列进行分析是一件非常基本的工作,Smith Waterman算法是目前最重要的一种局部联配算法,该算法先用迭代方法计算出两个序列的所有可能相似性
办公室是领导的综合协调机构，是机关协调运转的“枢纽”；它担负着谋划咨询的重任，是领导的“综合外脑”；它要提供日常工作情况和有关的信息保障，是领导的“综合信息库”。办公室的
已有的生物学文献中蕴涵了大量的有用信息,通过文献挖掘对特定主题的文献进行分析,可以有效和有针对性的将这些信息提取出来并进行整合,学习出新的知识.本文通过统计以乳腺癌
本文通过应用模糊变换的思想,提出了一个解决该问题的方法.首先利用Naive Bayesian分类树,把用户提交的一些反映用户需求的网页,或关键字进行分类.然后根据分类结果建立反映
本文研究设计了一套城市空气质量监控网络及预警系统.该系统利用Internet技术、数据库技术、GIS技术,实现了对城市中各监测子站的环境空气质量状况信息的远程实时传输和对监
正确理解复习课的有效性教学,尝试改变复习课的固有模式,教师及时反馈复习课信息,激发学生的复习兴趣,提高复习效率.
我们应当有一门中国收藏学。两年前的秋天,在“二○○八年上海华人收藏家大会”专题演讲中,笔者提出了努力创建收藏学及其专业,首
We should have a Chinese collecting sch
我国经济的快速发展使我国快速进入互联网时代.在中职计算机课程的教学中,对学生实现分层指导具有积极的意义.它能够让教学活动更加贴近学生实际,实现有针对性的教学.
随着经济的快速发展,科学技术水平也得到了不断的提升,在新时代的发展背景中,计算机网络技术也在逐渐完善,在社会各领域中得到了广泛的应用,并且在实际应用发挥出了重要的作
此文提出了欧拉超路法实现测序纠错,该方法将测序数据映射成欧拉超路,并通过一种称为合并变换的等价变换,动态地对欧拉超路进行简化.通过一系列规则的限制和引导,此过程不仅